Publikacje naukowe pokazują jedynie syntetyczne podsumowanie wyników. Nierzadko z terabajtów danych pozostaje w artykule jedynie sucha tabelka i 2-3 wykresy. Chcą zmienić to twórcy VisuaLife, czyli biblioteki do interaktywnej prezentacji wyników badań.
Każdy naukowiec wie, że podczas prowadzonych badań powstają ogromne ilości danych, choć do finalnej publikacji trafia jedynie ich synteza lub kilka przykładów. Wyniki są zazwyczaj przedstawiane w postaci tabel lub wykresów. Te pierwsze sprawdzają się w przypadku bardziej złożonych zestawień (szczególnie gdy operujemy dokładnymi liczbami).
Niestety, minusem tabel jest fakt, że są nieprzyjemne w odczytywaniu i zapamiętywaniu najważniejszych informacji. Dlatego to właśnie wykresy i diagramy sprawdzają się częściej. Spektrum możliwości jest tu naprawdę szerokie. Narzędzie VisuaLife jeszcze bardziej upraszcza sposób wizualizacji danych, tym razem w języku skryptowym Brython.
Czym jest VisuaLife?
VisuaLife to biblioteka do wizualizacji danych zaimplementowana w języku Python. Jej celem jest stworzenie imponujących grafik dostępnych w przeglądarkach internetowych za pomocą kilku linijek kodu. To bardzo proste, ale skuteczne rozwiązanie, które uatrakcyjni niejedną pracę naukową.
– Tworzone przez moją grupę oprogramowanie VisuaLife ma umożliwić łatwą wizualizację wyników z różnych dziedzin nauki. W Internecie łatwo znaleźć rozwiązania służące wykreślaniu danych w przeglądarce. Wszystkie one jednak oparte są na języku JavaScript, który choć jest bardzo popularny w świecie IT, to jednak w środowisku akademickim praktycznie nie istnieje. Lingua franca nauk przyrodniczych i ścisłych jest Python – mówi dr hab. Dominik Gront z Wydziału Chemii UW.
VisuaLife jest jedynym istniejącym rozwiązaniem, które wykorzystuje język Python w przeglądarce. Dzięki niemu nie tylko naukowcy, ale i studenci mogą tworzyć interaktywne platformy do analizowania i wizualizacji wyników, które uzyskali w toku swoich badań. To znacznie przyspiesza proces publikacji danej pracy.
Biblioteka w fazie rozwojowej
VisuaLife jest stosunkowo młodym projektem, wciąż w fazie intensywnego rozwoju. Z tego powodu biblioteka VisuaLife jest stale uzupełniana i aktualizowana. Najnowszą dokumentację biblioteki wraz z galerią przykładów dostępna jest pod adresem: visualife.readthedocs.io. Na stronie znajdziemy dokładny opis instalacji, prosty poradnik, a nawet demo „na żywo” biblioteki.
Naukowcy równolegle pracują nad aplikacjami internetowymi, które wykorzystują VisuaLife do wizualizacji danych. Zgłoszono już kilka projektów, a jednym z nich jest strona: bioshell.pl/azoledocking. Wyświetla ona wyniki obliczeń, w których zbadano oddziaływanie enzymu zwanego lanosterolem 14α demetylazy (CYP51) pochodzącego z 12 różnych patogenów z lekami azolowymi. Azole są obecnie najbardziej popularną klasą związków przeciwgrzybiczych, stosowanych w celach rolniczych i medycznych. Wspomniana strona prezentuje około 900 GB danych, umożliwia ich interaktywne przeglądanie i analizę.
Nauka da Społeczeństwa, Ministerstwo Nauki
